La navata centrale sorge sull'area di un tempio romano dedicato ai Dioscuri Castore e Polluce (I sec. d.C.), precedentemente vi era un tempio più antico risalente al III sec. a.C. In epoca medievale, tra l'VIII ed il IX secolo, in seguito a due vittorie dei napoletani sui saraceni, coincidenti con altrettante commemorazioni di san Paolo, fu innalzata la Basilica, dedicata al santo. Costruita a tre navate, essa occupa l'area della cella del tempio pagano, tranne quella del pronao esastilo. Ottenuta dai Teatini nel 1538 per intercessione del viceré Pedro de Toledo, essi vi avviarono imponenti lavori di trasformazione.
Le attuali proporzioni della navata risalgono al periodo tra il 1626 ed il 1640, quando cioè, contemporaneamente all'edificazione delle navate laterali (1626 - 1630) con l'intervento dell'architetto Giovan Giacomo di Conforto, si svolsero i lavori di prolungamento di quella centrale, durati fino al quarto decennio del sec. XVII. Essa è caratterizzata dal motivo, mosso ma equilibrato della "travata ritmica", ovvero dall'alternarsi di campate maggiori e minori nella serie d'archi tra navi centrale e navi laterali: a quattro archi maggiori si alternano tre archi di minori proporzioni per ogni lato. Le pareti sovrastanti sono spartite da un cornicione in due ordini. Il primo è ornato dal ciclo di tele raffiguranti scene della vita e di Miracoli di Cristo, tranne i due dipinti posti su due archi centrali minori che raffigurano scene della Vita e dei Miracoli di san Gaetano, eseguiti nel 1737 da Santolo Cirillo, pittore attivo a Napoli e nel napoletano nella prima meta del seicento, legato ai modi classicisti di Solimena. Il secondo ordine è ornato da un ciclo di affreschi raffigurati La Vita ed i Miracoli di san Gaetano, eseguito da Andrea de Lione nel 1660, su "sbozzi" di Andrea Vaccaro. Di quest'ultimo sono le affreschi raffiguranti i santi Pietro e Paolo, sull' arco maggiore. Sulla controfacciata è l' affresco raffigurante "La dedicazione al Tempio di Salomone" (firmato e datato 1737), eseguito da Cirillo e da Giovan Battista Natali; di quest' ultimo sono le linee architettoniche.
