È chiamato il maestro dei santi teatini; nacque a Venezia il 25 dicembre
1490 da genitori oriundi bergamaschi, al battesimo ebbe il nome di Francesco
che cambiò in seguito alla sua professione religiosa.
Allievo diligente negli studi fu chierico nella Collegiata di s. Pantaleo,
universitario a Padova, sacerdote di vita e pietà esemplare, divenne prima
sacrista poi canonico della Basilica di S. Marco, cappellano dell'Ospedale
degli Incurabili e infine divenne teatino il 9 dicembre 1528, prendendo
l'abito dalle mani di Giampietro Carafa che diverrà poi papa con il nome
di Paolo IV e facendo la sua professione in quel di s. Gaetano da Thiene
il 29 maggio 1530.
Nell'agosto 1533 Giovanni Marinoni e Gaetano da Thiene, obbedendo alla richiesta
di papa Clemente VII, lasciarono Venezia diretti a Napoli; qui dimorò presso
gli Incurabili per un certo tempo, finché nel 1538 si fermò alla Basilica
di S. Paolo Maggiore nel centro antico di Napoli.
La sua grande spiritualità diede frutti eccellenti, in stretta collaborazione
con il fondatore s. Gaetano; ispirò nel 1539 i nobili Aurelio Paparo, Gian
Domenico di Lega e Leonardo Palma suoi figli spirituali, nel dare inizio
al Monte di Pietà da cui derivò in seguito il Banco di Napoli.
Altre figlie spirituali si prodigarono in opere meritorie, Giovanna Scorziata,
fondava il pio luogo "Il Tempio" per l'educazione delle giovinette, le quattro
sorelle Palescandolo fondarono il monastero di S. Andrea delle Dame. Lavorò
alacremente insieme a s. Gaetano per preservare la Fede, in parte avvelenata
da movimenti non ortodossi sorti in quel periodo.
Fu nominato nell'aprile 1540 superiore della casa di S. Paolo Maggiore e
direttore spirituale del monastero delle monache domenicane della Sapienza.
Con la sua mitezza e forza guidò e formò le prime leve del nuovo Ordine
teatino ad una vita interiore intensa, apostolica attività, distacco dai
beni terreni e fiducioso abbandono in Dio. Fu maestro di santi come s. Andrea
Avellino, beato Paolo Burali cardinale, venerabili Giacomo Torno e Salvatore
Caracciolo e altri insigni vescovi e uomini di Dio che tennero alta la spiritualità
teatina di cui Giovanni fu insigne guida spirituale.
S. Andrea Avellino fu il primo biografo del beato Marinoni e di lui dice:
"Era sempre di natura amabile, che da tutti i secolari buoni e cattivi,
era amato, riverito, honorato e stimato. Il che con gl'occhi proprij ho
visto, perché spesso l'accompagnava per Napoli e vedeva l'honore che da
tutti gli era fatto; che lo tenevano per santo".
Ottimo predicatore fu seguito ed ascoltato da folte e anche dotte schiere
di fedeli fra cui alcuni, divenuti vescovi e partecipanti al Concilio di
Trento lo additarono come esempio di autentica predicazione evangelica.
Rifiutò la sede arcivescovile di Napoli che il papa teatino Paolo IV voleva
affidargli; nel 1558 iniziò dalle fondamenta la costruzione del nuovo convento
di S. Paolo Maggiore che sotto la direzione del dotto padre Gerolamo Ferro
terminò nel 1565, tre anni dopo la morte del Marinoni.
L'età avanzata e le malattie ne avevano minato la salute, mentre lui continuava
intensamente il lavoro e lo zelo per la salute del prossimo, in quel tempo
di epidemie di colera che funestavano la città di Napoli e fu una epidemia
che lo stroncò in pochi giorni, il 13 dicembre 1562.
Le sue spoglie si venerano nella cripta della basilica di S. Paolo Maggiore
che è poi diventata una vera e propria chiesa con ingresso diretto nella
piazza antistante e dove sono anche le spoglie di s. Gaetano Tiene, del
beato Paolo Burali e altri venerabili confratelli, quelle di s. Andrea Avellino
sono invece nella sovrastante basilica.
Papa Clemente XIII, l'11 settembre 1762 ne confermava il culto che già da
due secoli gli veniva tributato. Viene raffigurato con in mano il Crocifisso
per la sua grande devozione alla Passione di Cristo.